Уфимская научно-исследовательская криминалистическая лаборатория Министерства юстиции РСФСР была создана 16 декабря 1957 г. распоряжением Совета Министров РСФСР №5317-р. от 14.10.1957 г. В начале 60-х годов сложился первый коллектив преданных делу экспертов-криминалистов. Лаборатория в то время располагалась в здании Верховного Суда Башкирской АССР.
Первым начальником лаборатории был опытный эксперт-криминалист Закир Шакирович Батршин.
Подразделение, выполняющее криминалистические исследования документов, существует в лаборатории с первого дня ее существования. Высококвалифицированные эксперты ежегодно исследуют тысячи объектов, участвуя в расследовании уголовных и гражданских дел.
Автотехнические экспертизы проводятся в лаборатории с 1959 г.
Начинали производство этих экспертиз М.Х. Валитова и Е.А. Киселев.
В настоящее время в отделе более 20 лет работает В.А. Васильев.
Криминалистические исследования материалов, веществ и изделий проводятся в лаборатории с 1958 г. Освоены методы исследования волокнистых материалов, металлов и сплавов, лакокрасочных покрытий, наркотических веществ, нефтепродуктов, биологических объектов и пр.
Судебно-бухгалтерские и планово-экономические экспертизы неизменно выполняются на высоком профессиональном уровне и имеют решающее значение при вынесении приговоров и решений судов.
Востребованными неизменно в лаборатории являются товароведческие, автотехнические, психологические, фоноскопические, почерковедческие, бухгалтерские, финансовые и компьютерно-технические экспертизы.
В лаборатории также активно ведется подготовка специалистов разных областей.
Новые, активно развивающиеся виды экспертиз такие как строительно-техническая проводятся в лаборатории как по постановлениям судебно-следственных органов, так и по заявлениям граждан.